Toponymie : Pour certains l'origine du mot viendrait du celtique " San Tan " place imprenable ... puis différents noms furent utilisés :
- Sancta Anna en 1158
- Sancta Agna au XIIéme siècle
- Saint Agne en 1292
- Saint Aigne en 1311
- Sante Agne en 1352
- Sainte Anne en 1413
- Nouveau Sainte Anne en 1702
- Saint-Agnes jusqu'en 1855
- Puis Sainte Anne
Le village à l'origine était situé sur le site du " château de Sainte Anne ", en 1136, l'abbaye de Buillon qui possédait des terres à Sainte Anne avait construit une grange sur l'emplacement qui deviendra le premier village de Sainte Anne. Une " forteresse imprenable " fut construite sur ce formidable site défensif, par Hugues de Rans auquel l'abbé Amaric de Buillon avait donné tous les droits qu'il avait : " in monte Sancte Agnetis ". La famille de Rans construisit donc une forteresse sur cet éperon barré dominant de 300 m la source du Lison. Dès 1237, Jean de Châlon s'intéressait également à Sainte Anne, il conclut un traité avec ses vassaux et s'installe à Sainte Anne où il prend Hugues de Rans sous sa dépendance. Sainte Anne restera l'une des principales places fortes des Chalon et de leurs successeurs. Durant les guerres du XVIIème siècle, le château de Sainte Anne résistera aux assauts des troupes de Bernard de Saxe Weimar et servira de refuge aux populations des villages avoisinants. C'est lors de la conquête de la Franche Comté en 1674 par les troupes de Louis XIV que le château et le bourg furent rasés. L'église historique était située dans le château, elle exista dès le XIIIème siècle, après la destruction du Château et du bourg on reconstruisit en 1689 l'église actuelle. Cette église ainsi que le mur du cimetière sont clasés au registre des monuments historiques. La commune de Sainte Anne fit construire le Pont du Diable de 1877 à 1879 afin de relier Sainte Anne à Crouzet, ce pont remplace alors la " passerelle du Diable ".
Démographie :
1614 : 36 feux | 1657 : 107 habitants
| 1688 : 75 habitants
| 1749 : 30 feux
| 1784 : 22 feux
| 1790 : 123 habitants
| 1826 : 137 habitants
| 1851 : 123 habitants
| 1876 : 92 habitants
| 1901 : 67 habitants
| 1926 : 56 habitants
| 1954 : 56 habitants
| 1975 : 51 habitants
| 1982 : 36 habitants
| 1999 : 29 habitants
| 2004 : 30 habitants
| 2013 : 42 habitants
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Familles existantes au XVIII siècle (1750) : Bez, Bôle, Combette, du Couloux, Gavignet, Lefranc, Michel, Regnault.
Sites remarquables : Le village de Sainte Anne est resté l'un des rares villages " authentique ", très typique avec ses grosses fermes comtoises.
- Pont du Diable : entre Sainte Anne et Crouzet Migette.
- Pont de Château Renaud, sur le chemin reliant la D 229 à Dournon (Jura).
- Eglise de Sainte Anne avec son clocher à l'impériale.
- Gouffre de la Baume Sainte Anne.
- Belvédère du vieux château.
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